| 序号 | 课题来源 | 课题名称 | 课题编号 | 负责人 | 起始时间 | 终止时间 |
| 1 | 863项目 | 抗肿瘤海洋药物研究开发 | 2006AA090300 | 谭仁祥 | 2006/12/1 | 2010/11/1 |
| 2 | 863项目 | 海洋生物功能天然产物发掘、优化与合成 | 2013AA092900 | 谭仁祥 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 3 | 863课题 | 肿瘤代谢关键因子相关人源化小鼠自发肿瘤模型的建立及其在抗癌药物功效临床前评估中的应用 | 2014AA021606 | 刘耕 | 2014/1/1 | 2016/12/1 |
| 4 | 863课题 | 多肽分子药靶发现与药物设计技术 | 2012AA021105 | 徐寒梅 | 2011/1/1 | 2015/12/1 |
| 5 | 863课题 | 海洋微生物大规模发酵制备候选药物关键技术 | 2011AA090702 | 王启要 | 2011/7/1 | 2014/6/1 |
| 6 | 863课题 | 非病毒载体基因治疗恶性肿瘤方案研究 | 2012AA020809 | 顾王文 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 7 | 863课题 | 海洋药物候选物的结构改造与化学全合成 | 2013AA092903 | 李英霞 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 8 | 863课题 | 靶向可控基因治疗关键技术研究 | 2014AA020707 | 徐宇虹 | 2014/1/1 | 2016/12/1 |
| 9 | 863课题 | 基因突变小鼠库的非编码RNA功能鉴定技术与应用 | 2014AA021104 | 吴晓晖 | 2014/1/1 | 2016/12/1 |
| 10 | 国家重点基础研究发展计划（973计划） | 2型糖尿病发生发展机制的研究 | 2006CB503900 | 张辰宇 | 2006/1/1 | 2011/12/1 |
| 11 | 国家重点基础研究发展计划（973计划） | 适应性免疫系统起源的发育-演化生物学研究 | 2007CB815804 | 陈均远 | 2007/7/1 | 2011/12/1 |
| 12 | 国家重点基础研究发展计划 | 类胡萝卜素及类黄酮化合物代谢与调控研究 | 2007CB108802 | 卢山 | 2007/7/1 | 2011/12/1 |
| 13 | （973计划） | |||||
| 14 | 国家重点基础研究发展计划（973计划） | 脑卒中神经损伤与神经保护机制研究 | 2009CB521906 | 徐运 | 2009/1/1 | 2013/12/1 |
| 15 | 973课题 | 鼠生理学比较研究 | 2011CB944104 | 高翔 | 2011/1/1 | 2015/12/1 |
| 16 | 973课题 | 形态发生素在脊椎动物胚胎发育和组织器官形成中的功能和作用机制 | 2011CB943904 | 杨中州 | 2011/1/1 | 2015/12/1 |
| 17 | 973课题 | 病毒潜伏感染与激活的免疫学基础 | 2011CB504803 | 曾科 | 2011/1/1 | 2015/12/1 |
| 18 | 973课题 | miRNA导致肾小球损伤的机制研究 | 2012CB517603 | 张峻峰 | 2012/1/1 | 2016/8/1 |
| 19 | 973课题 | 类胡萝卜素和棉酚的合成与调控 | 2013CB127004 | 卢山 | 2013/1/1 | 2017/12/1 |
| 20 | 国家重点基础研究发展计划（973计划） | 循环miRNA生物学功能及临床应用 | 2014CB542300 | 张辰宇 | 2014/1/1 | 2018/8/1 |
| 21 | 973课题 | 神经微环路的形成与功能调控 | 2014CB942804 | 陈贵泉 | 2014/1/1 | 2018/12/1 |
| 22 | 国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题 | 水华蓝藻优势维持的动态机制 | 2008CB418004 | 李朋富 | 2008/7/1 | 2012/8/1 |
| 23 | 973课题 | Hh梯度形成和信号转导的调控机制 | 2011CB943902 | 赵允 | 2010/1/1 | 2015/12/1 |
| 24 | 973课题 | 细胞应激介导脂代谢紊乱的分子生理学机制研究 | 2012CB524903 | 刘勇 | 2012/1/1 | 2016/8/1 |
| 25 | 973课题 | 肿瘤干细胞的特异性干预靶点研究 | 2012CB967004 | 朱孝峰 | 2012/1/1 | 2016/8/1 |
| 26 | 973课题 | 揭示信号通路对中胚层干细胞体内自我更新和分化的生理调控机制 | 2012CB966602 | 冯新华 | 2012/1/1 | 2016/8/1 |
| 27 | 973课题 | 足细胞损伤干预药物的分子机制研究 | 2012CB517602 | 倪兆慧 | 2012/1/1 | 2013/12/1 |
| 28 | 973课题 | 足细胞损伤对肾小球内皮细胞及系膜细胞的影 | 2012CB517601 | 何慈江 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 29 | 973课题 | 围填海对湿地生态服务功能影响评估和资源可持续利用 | 2013CB430405 | 安树青 | 2013/1/1 | 2017/12/1 |
| 30 | 973课题 | 全球变化对高寒草地生态过程的影响及机理 | 2013CB956302 | 张扬建 | 2013/1/1 | 2017/12/1 |
| 31 | 973课题 | 中国典型草地响应全球变化的生态环境效应 | 2013CB956304 | 刘玲莉 | 2013/1/1 | 2014/12/1 |
| 32 | 973课题 | 多能干细胞向中胚层细胞分化的机制研究 | 2014CB964701 | 曾凡一 | 2014/1/1 | 2015/12/1 |
| 33 | 973课题 | 外源性循环MIRNA的生物学功能及临床应用研 | 2014CB542302 | 蔡军 | 2014/1/1 | 2018/12/1 |
| 34 | 973课题 | 光电子协同微生物调控矿物晶格价电子转移的微观机制 | 2014CB846004 | 陆现彩 | 2014/1/1 | 2018/12/1 |
| 35 | 973课题 | 多能干细胞分化所得中胚层细胞的功能鉴定 | 2014CB964704 | 邹卫国 | 2014/1/1 | 2015/12/1 |
| 36 | 973课题 | 线粒体代谢动态平衡的分子调控和干预 | 2015CB856302 | 郭子建 | 2015/1/1 | 2019/12/1 |
| 37 | 国家科技支撑计划 | 颅内外动脉狭窄干预及脑卒中二级预防的规范化研究 | 2006BAI01A10 | 徐运 | 2008/1/1 | 2013/12/1 |
| 38 | 国家科技支撑计划 | 重大疾病动物模型制作与评价体系研究 | 2011BAI15B02 | 高翔 | 2011/1/1 | 2015/12/1 |
| 39 | 国家科技支撑计划 | 代谢性疾病及神经疾病相关基因的大鼠剔除模型建立 | 2015BAI08B02 | 蒋青 | 2015/4/1 | 2017/12/1 |
| 40 | 国家科技支撑计划 | 用于妇科血瘀症中药及方剂的有效成分群辩识技术研究 | 2008BAI51B01 | 唐于平 | 2010/12/1 | 2013/12/1 |
| 41 | 国家科技支撑计划 | 中药有效成分群辨识技术研究 | 2008BAI51B01 | 李萍 | 2011/3/1 | 2013/12/1 |
| 42 | 国家科技支撑计划 | 基因工程大鼠模型的研发与示范 | 2014BAI02B01 | 张晓东 | 2014/7/1 | 2017/6/1 |
| 43 | 国家科技支撑计划 | 模式动物果蝇新品系开发与应用 | 2015BAI09B03-02 | 陈炯 | 2015/4/1 | 2017/12/1 |
| 44 | 重大新药创制专项 | 抗肿瘤一类新药YCP的临床前研究 | 2009ZX09102-120 | 高向东 | 2009/1/1 | 2010/12/1 |
| 45 | 重大新药创制专项 | 多西他赛白蛋白纳米粒靶向抗肿瘤的临床前研究 | 2014ZX9507005004 | 王利春 | 2014/1/1 | 2016/12/1 |
| 46 | 重大新药创制专项 | 防治神经退行性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤新药的临床前药效学评价技术平台 | 2012ZX09304001 | 胡刚 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 47 | 重大新药创制专项 | 常州千红国际生物医药创新药物孵化基地 | 2012ZX09401012 | 马永 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 48 | 重大新药创制专项 | 国家一类新药-S-奥拉西坦的临床前研究 | 2013ZX09103001-017 | 冯华 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 49 | 重大新药创制专项 | 基于成药性的均一多糖药物制备及质量控制关键技术研究 | 2012ZX09502001-004 | 高向东 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 50 | 转基因生物新品种培育重大专项 | 转基因玉米小麦大豆环境安全评价技术 | 2008ZX08011-003；2011ZX08011-003；2013ZX08011-003；2014ZX08011-003 | 李新海 | 2008/7/1 | 2015/12/1 |
| 51 | 转基因生物新品种培育重大专项 | 功能型转基因水稻新品种培育的研究 | 2009ZX08001-032B | 卢山 | 2010/1/1 | 2011/12/1 |
| 52 | 转基因生物新品种培育科技重大专项 | 自然生态风险监测与控制技术 | 2011ZX08012-005 | 刘标 | 2013/1/1 | 2013/12/1 |
| 53 | 水体污染控制与治理科技重大专项 | 贾鲁河流域水质改善综合控制研究与示范 | 2012ZX07204-001 | 李爱民 | 2012/1/1 | 2016/12/1 |
| 54 | 国家海洋局海洋公益性行业科研专项 | 紫菜高效生态栽培和高值化加工技术开发及应用示范 | 201105023-09 | 卢山 | 2011/1/1 | 2014/12/1 |
| 55 | 国家海洋局海洋公益性行业科研专项 | 滨海盐碱地耐盐药用植物综合利用技术集成与示范 | 201505023-3 | 冯照 | 2015/1/1 | 2018/12/1 |
| 56 | 环保部环保公益性行业科研专项 | 典型微生物农药使用环境行为与生态效应研究 | 201009023 | 卜元卿 | 2010/6/1 | 2013/6/1 |
| 57 | 环保部环保公益性行业科研专项 | 地表水环境质量农药生态基准预研究 | 201009033 | 周军英 | 2010/12/1 | 2013/12/1 |
| 58 | 公益性行业科研专项 | 健康人群与重大疾病状态免疫功能数据库建立及其在疾病早期诊断和治疗评估中的应用 | 201302018 | 张辰宇 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 59 | 国家科技部科技基础性工作专项 | 江苏省和上海市沿海地区抗旱耐盐碱优异性状农作物种质资源调查) | 2007FY110500-06 | 杨永华 | 2008/1/1 | 2012/12/1 |
| 60 | 国家自然科学基金专项基金项目 | 食物中外源性植物microRNA的吸收机制及跨界调控的普适性研究 | 81250044 | 张辰宇 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 61 | 国家自然科学基金资助专项基金 | 运动学科“十三五”发展战略研究 | 81442002 | 蒋青 | 2014/7/1 | 2015/6/1 |
| 62 | 国家自然科学基金委创新研究群体科学基金 | 天然药源分子及其新作用特点 | 30821006 | 谭仁祥 | 2009/1/1 | 2011/12/1 |
| 63 | 国家自然科学基金创新研究群体 | 天然药源分子及其新作用特点 | 81121062 | 谭仁祥 | 2012/1/1 | 2014/12/1 |
| 64 | 国家自然科学基金创新研究群体 | 天然药源分子及其新作用特点（延续资助） | 81421091 | 谭仁祥 | 2015/1/1 | 2017/12/1 |
| 65 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 利用化学小分子对解耦联蛋白2介导的信号转导通路的化学生物学研究 | 90813035 | 张辰宇 | 2009/1/1 | 2012/12/1 |
| 66 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 调控Toll样受体的新共生菌产物研究 | 90813036 | 谭仁祥 | 2009/1/1 | 2012/12/1 |
| 67 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 植物赤霉素生物合成代谢的调控机制 | 90817002 | 卢山 | 2009/1/1 | 2011/12/1 |
| 68 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 基于Astilbin及其类似物发现的活化T细胞生死转换新调控机制 | 90913023 | 徐强 | 2010/1/1 | 2013/12/1 |
| 69 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 以PPARγ的化学小分子调控子为探针发现单核-M2型巨噬细胞定向分化新机制 | 91013015 | 沈萍萍 | 2011/1/1 | 2013/12/1 |
| 70 | 国家自然科学基金重大研究计划 | miR-21介导的新生肿瘤细胞和巨噬细胞内正反馈信号通路在炎症向肿瘤转变过程的作用研究 | 91129712 | 张峻峰 | 2012/1/1 | 2014/12/1 |
| 71 | 国家自然科学基金重大研究计划培育项目 | 野生大豆适应不同病原环境的微进化过程与多基因作用机制 | 91231102 | 陈建群 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 72 | 国家自然科学基金重大研究计划培育项目 | HnRNP A1 通过调控炎-靶细胞相互作用促进慢性结肠炎恶性转化的分子机制 | 91229109 | 孙洋 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 73 | 国家自然科学基金重大研究计划重点项目 | 减数分裂产生的重组、基因转换和突变的研究 | 91331205 | 田大成 | 2014/1/1 | 2017/12/1 |
| 74 | 国家自然科学基金重大研究计划重点项目 | 下丘脑-小脑神经环路在经小脑的情感和记忆调控中作用的研究 | 91332124 | 王建军 | 2014/1/1 | 2016/12/1 |
| 75 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 具有免疫调控作用的新共生菌产物研究 | 91413120 | 谭仁祥 | 2015/1/1 | 2015/12/1 |
| 76 | 国家自然科学基金重大研究计划培育项目 | “基于化学小分子探针的信号转导过程的研究”重大研究计划--细胞中锌形态的微流控芯片/ICP-MS联用研究 | 90913012 | 练鸿振，南京大学分析中心 | 2010/1/1 | 2012/12/1 |
| 77 | 国家自然科学基金重大研究计划集成项目 | 基于小分子探针的糖脂代谢调控机理研究 | 91213306 | 宋保亮 | 2013/1/1 | 2015/12/1 |
| 78 | 国家自然科学基金重大研究计划集成项目 | 细胞可塑性调控信号转导的化学生物学研究 | 91313303 | 姚雪彪 | 2014/1/1 | 2015/12/1 |
| 79 | 国家自然科学基金重大研究计划集成项目 | 炎症小体活化过程中的NF-kB信号新环路及其可供药物调控的关键节点 | 91429308 | 顾艳宏 | 2015/1/1 | 2017/12/1 |
| 80 | 国家自然科学基金重大研究计划 | 血管稳态与重构的调控机制 | 91339000 | 朱毅 | 2015/1/1 | 2015/12/1 |
| 81 | 国家自然科学基金重大项目 | 代谢性核受体在线粒体、内质网应激对细胞能量代谢的调控 | 30890044 | 张辰宇 | 2009/1/1 | 2012/12/1 |
| 82 | 国家自然科学基金重点项目 | 调控活化T细胞的新分子靶标与选择性免疫抑制剂的基础 | 30730107 | 徐强 | 2008/1/1 | 2011/12/1 |
| 83 | 研究 | |||||
| 84 | 国家自然科学基金重点项目 | DNA插入/缺失对遗传变异的影响及其发生机制的研究 | 30930049 | 田大成 | 2010/1/1 | 2013/12/1 |
| 85 | 国家自然科学基金重点项目 | 植物抗病适应性进化的分子机制 | 30930008 | 陈建群 | 2010/1/1 | 2013/12/1 |
| 86 | 国家自然科学基金重点项目 | 小鼠心脏原基的形成及发育机制研究 | 31130037 | 杨中州 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 87 | 国家自然科学基金重点项目 | 特境及不可培养微生物产生的新活性物质研究 | 21132004 | 谭仁祥 | 2012/1/1 | 2016/12/1 |
| 88 | 国家自然科学基金重点项目 | Fas/FasL介导小胶质细胞-T细胞Crosstalk与缺血性脑免疫炎症的研究 | 81230026 | 徐运 | 2013/1/1 | 2017/12/1 |
| 89 | 国家自然科学基金重点项目 | 蛋白质－蛋白质相互作用的电化学分析 | 21235003 | 李根喜 | 2013/1/1 | 2017/12/1 |
| 90 | 国家自然科学基金重点项目 | 中枢orexin能和组胺能神经系统在运动控制、运动学习和运动疾病中的作用 | 31330033 | 王建军 | 2014/1/1 | 2018/12/1 |
| 91 | 国家自然科学基金重点项目 | 以IL-17信号中SHP-2/Act1相互作用界面为靶标的新型免疫炎症调控 | 81330079 | 徐强 | 2014/1/1 | 2018/12/1 |
| 92 | 国家自然科学基金重点项目 | 平滑肌收缩高反应性的形成及其分子基础 | 31330034 | 朱敏生 | 2014/1/1 | 2018/12/1 |
| 93 | 国家自然科学基金重点项目 | 基于铂配合物的核酸识别与修饰研究 | 21131003 | 郭子建 | 2012/1/1 | 2016/12/1 |
| 94 | 自然科学基金重点项目 | 食物网结构的维持机制：高寒草甸菊科植物-寄生实蝇二分网的实验研究 | 2010 | 孙书存 | 2016/1/1 | 2020/12/1 |
| 95 | 国家基金委杰出青年基金 | 病理生理学（白细胞炎症反应机制的深入研究） | 30988003 | 曾科 | 2010/1/1 | 2013/12/1 |
| 96 | 国家基金委杰出青年科学基金 | 核酸药物给药系统用于炎症性疾病和炎症相关性疾病的治疗 | 81025019 | 张峻峰 | 2011/1/1 | 2014/12/1 |
| 97 | 国家基金委杰出青年科学基金 | 中药药理 | 81025025 | 孔令东 | 2011/1/1 | 2014/12/1 |
| 98 | 国家杰出青年科学基金 | 运动系统遗传性疾病 | 81125013 | 蒋青 | 2012/1/1 | 2015/12/1 |
| 99 | 国家杰出青年科学基金 | 动植物关系及其生态功能 | 31325004 | 孙书存 | 2014/1/1 | 2017/12/1 |
| 100 | 国家自然科学基金优秀青年科学基金 | 蛋白修饰与植物的非生物胁迫 | 31322008 | 洪治 | 2014/1/1 | 2016/12/1 |
| 101 | 国家自然科学基金优秀青年科学基金 | 抗炎免疫药物药理学 | 81422050 | 孙洋 | 2015/1/1 | 2017/12/1 |
横向课题：
| 序号 | 编号 | 项目名称 | 负责人 | 负责人单位 | 总经费 | 合作单位 | 类别 | 起讫时间 |
| 1 | 2013 | 注射用白蛋白紫杉醇（100mg/瓶） | 胡一桥 | 南京大学 | 2000万 | 浙江海正药业股份有限公司 | 技术转让 | 2013-2033 |
| 2 | 20130487 | （免税）注射用白蛋白多西他赛 | 胡一桥 | 南京大学 | 1000万 | 四川科伦药业股份有限公司 | 技术转让 | 2013-2028 |
| 3 | 2009643 | 抗类风湿性关节炎一类新药0912及制剂的开发 | 徐强 | 南京大学 | 1200万 | 江苏正大天晴药业股份有限公司 | 技术转让 | 2009-2029 |
